Статья 12.6. - одна, и пунктов в ней нет. Поэтому все нарушения прописанные в этой статье через запятую приравниваются к одному наказанию, а именно штрафу 500 рублей. Соответственно административное правонарушение одно: Нарушение правил применения ремней безопасности или мотошлемов.

Если рассуждать как вы, то получается сотрудник ГИБДД остановивший автомобиль и видя что водитель и пассажиры не пристегнуты, должен выписать два протокола на водителя. В каждом протоколе будет прописана одна и таже статья 12.6. Но это противоречит статье 4.1. пункт 5.  Никто не может нести административную ответственность дважды за одно и то же административное правонарушение.