Я всё же полагаю, что мигалки устанавливаются не на номера, а выдаются ведомствам, ну и прочим (не о них сейчас речь).
Так вот, существуют ведомства (МВД, ФСБ, ФСО, СВР, ГРУ), которые ведут оперативную работу. Далеко не всегда они заинтересованы в том, чтобы номера на их оперативных машинах входили в вышеперечисленные серии рег. знаков. Но, при необходимости они имеют право пользоваться мигалками. А посему на дорогах, помимо левых, можно встретить вполне легальные мигалки на непонятных номерах.